21世纪初，人类将多数人留在被(bèi )哥斯拉(lā )蹂躏(lìn )的地球上，仅使被选中的人们(🥕)乘上恒星间(jiān )移民船·阿拉特(🤘)拉姆，前往能够移居的“约(🚗)定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只(zhī )得(dé )再度返回(🏒)地(🙎)球。而(🐡)长距离亚(🔍)空间航(háng )行所(suǒ )引发的(de )时空歪曲，导(🥅)致(zhì )人类回到的地(📐)方(fāng )(🔎)变成了“两万年后的(de )地球”。在(⏳)这个地球，主人(rén )公·(👗)晴(🎦)男(nán )等人在遭受(👚)哥斯拉(👩)袭击的(🤼)同时，与埃(💑)克西弗、比(bǐ )尔沙尔德(💁)两(🈺)种族(🧥)的异(yì )星人(🐈)共(gòng )同实行(🌲)谋划了20年的“对哥斯(⛅)拉战术”，通过殊死战斗成功击(♊)倒了(le )哥斯拉。
但喜悦(🙎)并未持续多(🛺)久，深(shēn )藏(cáng )地下的(de )真正哥斯(🏚)拉“哥斯(sī )拉·地(dì )球(🌥)”现身(🍢)了。两万年间持(chí )续成长(🏰)生存、身高(🏌)300米、质量超(🚇)过10万(🍄)吨，在进化成这种(zhǒng )姿态的超(chāo )巨(🛰)大(⏸)哥斯拉压倒(dǎo )性的破坏力面(miàn )(✝)前，晴男等(děng )(🕎)人(rén )(👑)落花(huā )(🤼)流水(shuǐ )。
拯救了(le )晴男(nán )的(💺)是(🛴)被视为人类(lèi )的残存者“弗图(tú )亚”之(zhī )民(mín )，米(📘)亚娜(nà )。弗(📼)图(🛹)亚是他(tā )们在(zài )这个地球首次遇到的人型生(shēng )命(🏒)种族。他(tā )们会是人类的(🐇)子孙吗(ma )——(📚)。“弗图(😍)亚的神(shén )也被(🕙)哥斯拉击破，如今(✨)只剩下卵(💝)。挑战(📎)者、抗(🐥)争者，全(quán )部被火(🔄)焰吞噬而消失了(le )”面对这样的他(🍉)们(men )，晴男回应道“这是以人类的双手(shǒu )夺回地球的最后机会了”。
(🕦) 另(🕠)一方面，比尔(🌁)沙(shā )尔(🚿)德的指(zhǐ )(🐃)挥官·加尔(ěr )格，注意(yì )到弗图(tú )亚使用(🍞)的箭头(tóu )是由“自律思考金(📖)属体·纳米(😩)金属(🎠)”所(suǒ )制造而欢喜(xǐ )。这(zhè )(😯)和21世(🦒)纪他们(men )在富(🐝)士山麓(lù )作为(wéi )(📪)“对哥斯拉决战兵器(qì )”所开发(fā )(🍆)、在(🥇)启动前遭到破坏(huài )的“机(🎟)械哥斯拉”由同(tóng )(🀄)种物质(📞)所构成。这(👈)正是当时(shí )的(de )开发设(🏺)备(bèi )(⏱)至今仍然残存的证明—(🧛)—。